-
石正麗團(tuán)隊(duì)發(fā)表冠狀病毒新研究,進(jìn)一步證明新冠非實(shí)驗(yàn)室泄漏
新冠病毒SARS-CoV-2造成了近一個(gè)世紀(jì)以來最具破壞性的大流行COVID-19,而其中尚未解決的科學(xué)問題之一是這種病毒的自然來源。
近日,來自中科院武漢病毒所、中國科學(xué)院大學(xué)的研究人員在預(yù)印本網(wǎng)站BioRxiv上提交了一篇論文,題為“Identification of a novel lineage bat SARS-related coronaviruses that use bat ACE2 receptor”。他們報(bào)告在云南省墨江縣通關(guān)鎮(zhèn)發(fā)現(xiàn)的蝙蝠身上鑒定出的新的SARS-CoV-2相關(guān)病毒病毒譜系,這些病毒采樣于2015年,地點(diǎn)和研究團(tuán)隊(duì)此前報(bào)告的來源于中菊頭蝠、與SARS-CoV-2基因組一致性達(dá)96.2%的RaTG13系同一地點(diǎn)。
該論文的通訊作者為中科院武漢病毒所新發(fā)傳染病研究中心主任、武漢國家生物安全實(shí)驗(yàn)室(四級(jí))副主任石正麗和中科院武漢病毒所蝙蝠病毒感染與免疫學(xué)科組組長周鵬。
研發(fā)同時(shí)指出,根據(jù)現(xiàn)在的研究發(fā)現(xiàn),目前發(fā)現(xiàn)的能被分離出的蝙蝠SARSr-CoV-2系或新譜系病毒均無法有效利用人類ACE2。因此,如果不進(jìn)行適應(yīng),對(duì)人類的溢出風(fēng)險(xiǎn)還比較小。相比之下,從使用受體的情況來看,穿山甲冠狀病毒具有較高的溢出風(fēng)險(xiǎn)。
他們還進(jìn)一步強(qiáng)調(diào),盡管此前有推測稱,可能是實(shí)驗(yàn)室的RaTG13泄漏導(dǎo)致了SARS-CoV-2,但現(xiàn)有的實(shí)驗(yàn)證據(jù)并不支持這一推測。
石正麗等人在這項(xiàng)研究中強(qiáng)調(diào),目前我們?cè)隍鹕砩习l(fā)現(xiàn)的SARS樣冠狀病毒可能只是冰山一角。未來應(yīng)進(jìn)行更系統(tǒng)性和縱向的監(jiān)測,防止病毒再次造成重大溢出事件。
不同于SARSr-CoV-1和SARSr-CoV-2的新譜系
論文中寫道,2015年5月,研究團(tuán)隊(duì)在墨江縣進(jìn)行蝙蝠采樣。蝙蝠在肛門拭子取樣后被釋放,樣品在-80°C條件下保存直到使用。
在蝙蝠中追蹤SARS-CoV-2起源時(shí),研究團(tuán)隊(duì)此前發(fā)現(xiàn)了RaTG13,它與SARS-CoV-2的基因組同源性為96.2%,這是迄今為止最接近的基因組。
他們對(duì)2015年于同一地點(diǎn)采集的蝙蝠樣本進(jìn)一步調(diào)查時(shí)發(fā)現(xiàn),其中8個(gè)樣本的序列與SARS-CoV-2序列同源性為93.5%。7份來自小褐菊頭蝠(Rhinolophus stheno),另1份來自中菊頭蝠(Rhinolophus affinis)。
因此,他們進(jìn)行了下一代測序(NGS),以進(jìn)一步分析這些冠狀病毒,所有8個(gè)樣本均獲得全基因組序列。這8個(gè)SARSr-CoV基因組幾乎相同,彼此之間的序列一致性超過99.7%。研究團(tuán)隊(duì)以其中一株、被命名為RaTG15的病毒株為代表進(jìn)行了進(jìn)一步分析。
在用于冠狀病毒分類的7個(gè)保守復(fù)制酶結(jié)構(gòu)域中,RaTG15與SARS-CoV-2和SARS-CoV-1的同源性分別為95.3%和92.5%,表明其屬于冠狀病毒科Betacoronavirus屬的Sarbecovirus亞屬中的SARSr-CoV種。
此外,RaTG15在開放閱讀框1b (ORF1b)與SARS-CoV-2基因接近。在完整的ORF1b區(qū),RaTG15與來自中國和東南亞的野生蝙蝠SARSr-CoV-2的核苷酸序列同源性為84.6%-89.0%,氨基酸序列同源性為95.6%-97.3%,這其中包括來自云南的蝙蝠冠狀病毒RaTG13和RmYN02,日本的Rc-o319,柬埔寨的RshSTT182,泰國的RacCS203,以及兩個(gè)穿山甲冠狀病毒株。
研究發(fā)現(xiàn),相比之下,除上述ORF1b外,RaTG15與SARSr-CoV-2和SARSr-CoV-1在大多數(shù)基因組中均有顯著差異。ORF1a、M和N的基因同源性低于80%,S、ORF3、6和7a/7b的同源性低于70%。
研究得出,總體而言,RaTG15全基因組與SARS-CoV-1序列同源性為74.4%,與SARS-CoV-2序列同源性為77.6%。值得注意的是,RaTG15和SARS-CoV-1在S、E、M、N和ORF6蛋白上的序列一致性比RaTG15和SARS-CoV-2之間的更高。
研究團(tuán)隊(duì)認(rèn)為,RaTG15在內(nèi)的這一新的病毒譜系可能是不同SARSr-CoVs重組的結(jié)果。
系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果也較好支持了這一點(diǎn)。研究團(tuán)隊(duì)指出, SARSr-CoVs此前主要由兩個(gè)亞譜系組成,即SARSr-CoV-1和SARSr-CoV-2。后者包括最近在亞洲許多地區(qū)報(bào)告的穿山甲和不同種類的菊頭蝠中的SARS-CoV-2。在全長基因樹和S基因樹中,RaTG15及其相關(guān)病毒均遠(yuǎn)離上述現(xiàn)有的兩個(gè)亞譜系,由此形成一個(gè)新的譜系。
在沒有進(jìn)一步適應(yīng)的前提下人畜共患潛力有限
研究人員進(jìn)一步檢測了RaTG15的S蛋白序列,并與其他SARSr-CoV-2做了對(duì)比。
他們發(fā)現(xiàn),RaTG15的S蛋白的受體結(jié)合域(RBD)與其他sarbecoviruses病毒高度不同,與SARS-CoV-2的氨基酸同源性為72.6%,與相關(guān)的蝙蝠和穿山甲冠狀病毒的氨基酸同源性為68.6%-73.3%。
值得一提的是,和上述提到的RmYN02、RacCS203不同的是,RaTG15 RBD沒有出現(xiàn)一種缺失,也就是對(duì)應(yīng)于SARS-CoV-2 S蛋白中的氨基酸473-486缺失(缺失2),根據(jù)此前的研究,該缺失決定對(duì)了血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2(ACE2)的利用。然而,和SARS-CoV-2和RaTG13相一致的是,發(fā)現(xiàn)了一個(gè)與氨基酸444-447(缺失1)相對(duì)應(yīng)的缺失。該處缺失的位置與柬埔寨RshSTT182的位置相似。
另外,在SARS-CoV-2與ACE2受體結(jié)合的5個(gè)氨基酸殘基中,RaTG15表現(xiàn)出有4個(gè)是不同的(486、493、494和501)。此外,與大多數(shù)蝙蝠SARSr-CoVs一樣,在RaTG15的S1-S2接合處沒有多堿基(furin)酶切位點(diǎn)。
論文提到,序列分析表明,RaTG15病毒可能使用ACE2作為進(jìn)入受體,研究人員也進(jìn)行了進(jìn)一步的驗(yàn)證試驗(yàn)。使用了來自SARS-CoV-2、SARS-CoV-1、RaTG13、pangolin-CoV-GD、pangolin-CoV-GX和RaTG15的RBD蛋白,以及人類和中菊頭蝠 ACE2蛋白的外區(qū)結(jié)構(gòu)域(圖S2A)。
他們發(fā)現(xiàn),中菊頭蝠來源的RaTG13和RaTG15 RBD蛋白對(duì)人類ACE2 (HuACE2)的親和力很弱或沒有結(jié)合親和力。而兩種穿山SARSr-CoVs的RBD蛋白對(duì)HuACE2的結(jié)合親和力要高得多,僅略弱于SARS-CoV-2 RBD,但仍高于SARS-CoV-1。pangolin-CoV-GX對(duì)HuACE2的結(jié)合親和力略弱于pangolin-CoV-GD。
研究人員進(jìn)一步驗(yàn)證,相對(duì)于利用huACE2,蝙蝠冠狀病毒RaTG13和RaTG15是否能更有效地利用中菊頭蝠ACE2(RaACE2)?結(jié)果發(fā)現(xiàn),RaTG15 RBD與RaACE2的親和力也同樣明顯低于SARS-CoV-2和pangolin-CoV-GD/GX對(duì)RaACE2的親和力。與在HuACE2中一樣,RaTG13 RBD與RaACE2的結(jié)合很弱。
研究人員還進(jìn)行了假病毒感染試驗(yàn)。與RBD-ACE2蛋白結(jié)合分析一致,HuACE2介導(dǎo)了除RaTG15外的所有SARSr-CoVs的進(jìn)入,而中菊頭蝠ACE2支持所有SARSr-CoVs的進(jìn)入。
研究總結(jié)認(rèn)為,無論是SARSr-CoV-2譜系還是此次鑒定出的新譜系病毒,均不能有效結(jié)合HuACE2,RBD區(qū)域是否存在缺失似乎會(huì)極大地影響結(jié)合能力。
研究人員認(rèn)為,這些結(jié)果表明,如果沒有進(jìn)一步的適應(yīng),蝙蝠來源的RaTG13、RaTG15以及其他可能的SARSr-CoV-2病毒,它們的人畜共患潛力尚有限。相比之下,從使用細(xì)胞受體的情況來看,穿山甲冠狀病毒具有較高的溢出風(fēng)險(xiǎn)。
實(shí)驗(yàn)證據(jù)不支持實(shí)驗(yàn)室泄漏導(dǎo)致SARS-CoV-2
總的來說,該研究報(bào)告了從蝙蝠身上發(fā)現(xiàn)的一種新的SARSr-CoVs譜系,這些病毒與SARS-CoV-2在RdRp區(qū)域密切相關(guān),但在基因組水平上與任何已知的SARSr-CoVs都還有距離。
研究人員指出,雖然已從野生動(dòng)物中檢測到幾種與SARS-CoV-2相關(guān)的冠狀病毒,但它們沒有一種在基因組水平上與SARS-CoV-2有99%的基因相同。
需要注意的是,冠狀病毒之間較易發(fā)生重組事件,這也被認(rèn)為是SARS-CoV-1的潛在起源。此前的非典溯源研究中,研究人員在蝙蝠中發(fā)現(xiàn)的SARSr-CoVs攜帶所有的SARS-CoV-1基因組片段。而不同野生動(dòng)物的部分基因組區(qū)域與SARS- CoV-2序列高度相似,也提示在跨物種或種間傳播的病毒進(jìn)化過程中可能病毒重組。
研究人員在論文討論部分指出,他們的研究結(jié)果表明,我們現(xiàn)在從蝙蝠身上發(fā)現(xiàn)的SARSr-CoVs可能只是冰山一角。這些病毒可能在動(dòng)物宿主中經(jīng)歷了選擇或重組事件,使病毒對(duì)新宿主產(chǎn)生適應(yīng),然后傳播到新物種,直到它們進(jìn)入人類社會(huì)。
他們強(qiáng)調(diào),應(yīng)該對(duì)此次鑒定出的新譜系病毒進(jìn)行監(jiān)測,以防止未來疫情的暴發(fā)。因?yàn)閬碜許ARSr-CoV的另外兩個(gè)譜系的病毒,即SARS-CoV-1、SARS-CoV-2,分別導(dǎo)致了非典和COVID-19。
此外,根據(jù)現(xiàn)在的研究發(fā)現(xiàn),目前發(fā)現(xiàn)的能被分離出的蝙蝠SARSr-CoV-2系或新譜系病毒均無法有效利用人類ACE2,因此,如果不進(jìn)行適應(yīng),對(duì)人類的溢出風(fēng)險(xiǎn)還比較小。相比之下,蝙蝠SARSr-CoV-1相關(guān)譜系中能利用ACE2的病毒在跨物種傳播方面似乎更危險(xiǎn)。
研究提到,RaTG13是現(xiàn)階和SARS-CoV-2最接近的蝙蝠冠狀病毒,但對(duì)HuACE2仍僅表現(xiàn)出很弱的結(jié)合親和力。
他們強(qiáng)調(diào),盡管此前有推測稱,可能是實(shí)驗(yàn)室的RaTG13泄漏導(dǎo)致了SARS-CoV-2,但現(xiàn)有的實(shí)驗(yàn)證據(jù)并不支持這一推測。相比之下,穿山甲冠狀病毒對(duì)人類或蝙蝠ACE2具有很強(qiáng)的結(jié)合能力,對(duì)人類或其他物種具有很高的跨物種潛力。
研究人員分析,在SARS-CoV-2來源于動(dòng)物的這一背景下,可能存在一種比RaTG13更有效使用HuACE2的蝙蝠SARSr-CoV,或者有一種具備更高基因序列一致性的穿山甲冠狀病毒。
研究最后強(qiáng)調(diào),今后需要對(duì)蝙蝠、穿山甲或其他可能的中間宿主動(dòng)物進(jìn)行更系統(tǒng)和縱向的抽樣調(diào)查,防止未來由SARSr-CoV相關(guān)病毒造成的溢出事件,也可以更好地了解SARS-CoV-2的來源。
論文鏈接:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.21.445091v1
- 原標(biāo)題:石正麗團(tuán)隊(duì)發(fā)表冠狀病毒新研究,進(jìn)一步證明新冠非實(shí)驗(yàn)室泄漏
- 責(zé)任編輯: 李天宇 
-
中國石化原黨組成員、副總經(jīng)理張海潮被查
2021-05-24 19:17 廉政風(fēng)暴 -
美國駐華大使館發(fā)文悼念袁隆平
2021-05-24 19:15 -
立陶宛退出中國-中東歐“17+1”,中方回應(yīng)
2021-05-24 17:26 中國外交 -
美報(bào)告稱武漢病毒研究所3名研究員2019年11月患病,趙立堅(jiān)駁斥
2021-05-24 17:17 -
美韓聯(lián)合聲明涉臺(tái),外交部:謹(jǐn)言慎行,不要玩火
2021-05-24 17:12 臺(tái)灣 -
首制船!世界先進(jìn)水平的雙機(jī)雙槳全電推26000噸自卸船下水
2021-05-24 16:45 -
【每日一習(xí)話】與歷史同步伐、與時(shí)代共命運(yùn)
2021-05-24 16:05 新時(shí)代新氣象新作為 -
好消息!遼寧本輪疫情首批2名患者治愈出院
2021-05-24 15:43 新冠肺炎抗疫戰(zhàn) -
臺(tái)灣新增595例確診,其中256例“校正回歸”
2021-05-24 15:36 臺(tái)灣 -
我國新冠疫苗接種突破5億劑次
2021-05-24 15:21 新冠肺炎抗疫戰(zhàn) -
廈門連續(xù)2日新增臺(tái)灣地區(qū)輸入病例
2021-05-24 14:26 臺(tái)灣 -
袁隆平同志遺體送別儀式在長沙舉行
2021-05-24 14:14 觀察者頭條 -
袁隆平家屬以書面形式致答謝辭
2021-05-24 14:06 -
沈陽新增本土無癥狀曾三次核酸檢測陰性
2021-05-24 13:47 新冠肺炎抗疫戰(zhàn) -
帕米爾高原上,中國華電用光伏扶貧
2021-05-24 13:25 鄉(xiāng)村振興 -
吳孟超院士追悼會(huì)沒有哀樂,放的是《國際歌》
2021-05-24 13:11 觀察者頭條 -
-
五部門聯(lián)合約談大宗商品重點(diǎn)企業(yè):不得串通操縱市場價(jià)格
2021-05-24 09:33 產(chǎn)業(yè)萬象 -
解放軍報(bào)追憶吳孟超:肝膽相照濟(jì)蒼生
2021-05-24 09:09 -
開國大典的彩色膠片 ——來自俄羅斯的珍貴禮物
2021-05-24 08:48 中共100個(gè)對(duì)外交往故事
相關(guān)推薦 -
“騎虎難下!對(duì)美國人來說,真正的痛苦即將襲來” 評(píng)論 220美國扛不住了才打貿(mào)易戰(zhàn),但藥不對(duì)癥會(huì)治死 評(píng)論 116他無視美國威脅訪華,“給世界作出示范” 評(píng)論 122這個(gè)全球最難進(jìn)入的市場,中國企業(yè)正加速落地! 評(píng)論 63對(duì)美關(guān)稅提至125%!商務(wù)部:將不再理會(huì)數(shù)字游戲 評(píng)論 576最新聞 Hot
-
“騎虎難下!對(duì)美國人來說,真正的痛苦即將襲來”
-
“中國尊重合作,比特朗普要人拍他馬屁,更受全球歡迎”
-
馬斯克“不安”了
-
AI(誒哎)還是A1(誒萬),美教育部長傻傻分不清楚
-
“中國藥活性成分性命攸關(guān),美國被卡脖子了”
-
中國同意,西班牙:歡迎
-
美國特使:烏克蘭可能會(huì)“像二戰(zhàn)后的柏林一樣”被分區(qū)駐軍
-
中方再出手,“一夜之間,美國不再是避風(fēng)港”
-
美債拋售潮繼續(xù),10年期美債收益率創(chuàng)2001年來最大漲幅
-
“北約想從羅馬尼亞發(fā)動(dòng)三戰(zhàn)”
-
他無視美國威脅訪華,“給世界作出示范”
-
德國政府:影響我們了,中美談?wù)劙?/a>
-
駁了萬斯面子,格陵蘭島美軍基地指揮官遭解職
-
“美輸華商品已無市場接受可能性”,又一例證?
-
按市政府統(tǒng)一要求,醫(yī)院紅十字招牌被換成綠色?當(dāng)?shù)鼗貞?yīng)
-
美科技巨頭供應(yīng)商們焦頭爛額:現(xiàn)在比疫情時(shí)還糟,仿佛“沒有明天”
-